互作蛋白质组学

对基于各种方法靶向提取pull-down （IP、co-IP等）纯化的蛋白样本进行蛋白质组学分析，获得目标蛋白及互作蛋白的定性定量信息。

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白，Pull-down 蛋白质样本

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg；Pull-down 蛋白质样本>1 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：Pull-down 蛋白质样本 → 多肽组制备 → RPLC-MS/MS 分析 → 蛋白质生信鉴定和定量

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● 蛋白质定性定量结果

1）列表输出：特征多肽及对应蛋白质定性

2）可视化视图呈现：特性分析图、PCA分布图，GO（亚细胞定位、分子功能、生物过程），KEGG信号通路，PPI互作蛋白网络。

参考文献

1. Quantitative phosphoproteomic analysis of T cell receptor signaling reveals system-wide modulation of protein-protein interactions. Sci Signal 2, ra46 (2009).

2.  A proteomics strategy to elucidate functional protein-protein interactions applied to EGF signaling. Nat Biotechnol 21, 315-318 (2003).

3. Global protein function prediction from protein-protein interaction networks. Nat Biotechnol 21, 697-700 (2003).

4. Methods for the detection and analysis of protein-protein interactions. Proteomics 7, 2833-2842 (2007).

5. Kinetics of regulated protein-protein interactions revealed with firefly luciferase complementation imaging in cells and living animals. P Natl Acad Sci USA 101, 12288-12293 (2004).