N-连接糖分析

修饰蛋白质组学

N-连接糖分析

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白，多肽

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：糖苷酶酶切 → N-连接糖富集 → RPLC-nanoESI-MS/MS → 基于结构指纹的结构特异性数据库搜索与鉴定

● 选项：1）全甲基化，RPLC分离；2）客户化N-连接糖酶切；3）客户化富集材料；4）还原端还原胺化同位素或等重标记

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● N-连接糖数据库搜索引擎定性定量搜索结果

1）基于靶向-诱饵库搜索和谱图水平FDR控制的N-连接糖IDs的全面鉴定信息，包括单糖组成、潜在序列和糖苷键连接结构；其中序列和连接结构得到结构诊断碎片离子的确认。

2）基于还原端同位素或等重标记的相对定量信息，如癌跟癌旁的比值。

参考文献

1. Serum N-glycomics of a novel CDG-IIb patient reveals aberrant IgG glycosylation. Glycobiology， 2022, 32, 380-390.

2. Rapid antibody glycoengineering in CHO cells via RNA interference and CGE-LIF N-glycomics. Methods in Molecular Biology, 2022, 2370, 147-167.

3. Large-scale identification and visualization of N-glycans with primary structures using GlySeeker. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 2018, 32, 142-148.

4. Large-scale identification and visualization of human liver N-glycome enriched from LO2 cells. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2018, 410 (17), 4195–4202.

5. Comparative glycomics study of cell-surface N-glycomes of HepG2 versus LO2 cell lines. Journal of Proteome Research, 2019, 18(1), 372-378.