DIA蛋白质组学

数据非依赖采集（DIA）蛋白质组学是在前期数据依赖采集蛋白质组学基础上发展起来的一种全新的串级质谱采集模式和蛋白质定性定量方法；对细胞和组织蛋白质组样本生成永久性数字蛋白质组图，使得高度可重复的回顾性分析成为可能。该技术的发展和应用掀起了新一轮的蛋白质组研究浪潮，在分子分型、致病通路分析、生物标志物及药物靶点发现、药物研发、疗效及预后评估等方面得到了广泛应用。 

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：样品多肽组制备 → bRPLC分级 → DDA RPLC-MS/MS → DDA搜索建库

● 基本流程：样品多肽组制备 → DIA定性定量分析 → DIA RPLC-MS/MS → DIA搜索鉴定 → 拓展生信分析

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● DIA搜索定性定量结果

1）列表输出：特征多肽及对应蛋白质定性及差异表达多肽及对应蛋白质定量。

2）可视化视图呈现：特性分析图、PCA分布图，热图，GO（亚细胞定位、分子功能、生物过程），KEGG信号通路，PPI互作蛋白网络，潜在标志物组合及ROC，聚类分子分型及生存曲线分析。

参考文献

1. Ultra-fast proteomics with Scanning SWATH. Nat Biotechnol 39, 846-854 (2021).

2. Urinary proteome profiling for stratifying patients with familial Parkinson's disease. Embo Mol Med 13, 0.15252/emmm.202013257 (2021).

3. Data-independent acquisition-based SWATH-MS for quantitative proteomics: a tutorial. Mol Syst Biol 14, 1 (2018).

4. DIA-based proteomics identifies IDH2 as a targetable regulator of acquired drug resistance in chronic myeloid leukemia. Mol Cell Proteomics 21, 100187 (2022).

5. Quantitative Chemoproteomic Profiling with Data-Independent Acquisition-Based Mass Spectrometry. J Am Chem Soc 144, 901-911 (2022).