完整蛋白质分析

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：完整蛋白质组提取 → 还原、烷基化 → RPLC-nanoESI-MS/MS → 数据库搜索与鉴定

● 基本流程：单个完整蛋白 → 还原、烷基化 → nanoESI-MS/MS → 数据库搜索与鉴定

● 选项：1）已知修饰潜在新位点的搜索和鉴定；2）潜在未知修饰的搜索和鉴定；3）同位素或等重标记定量

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● 完整蛋白数据库搜索定性定量结果

1）基于靶向-诱饵库搜索和谱图水平FDR控制的完整蛋白质IDs的全面鉴定信息，包括氨基酸序列、翻译后修饰、修饰位点（得到位点决定性碎片离子确认）。

2）基于同位素或等重标记的相对定量信息，如癌跟癌旁的比值。

参考文献

1. Proteoform profiles reveal that alpha-1-antitrypsin in human serum and milk is derived from a common source. Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, 858856.

2. Best practices and benchmarks for intact protein analysis for top-down mass spectrometry. Nature Methods, 2019, 16, 587-594.

3. Top-down characterization of mouse core histones. Journal of Mass Spectrometry, 2019, 54, 258-265.

4. Top-down protein identification using isotopic envelope fingerprinting. Journal of Proteomics, 2017, 152, 41-47.

5. Intact protein quantitation using pseudo-isobaric dimethyl labeling. Analytical Chemistry, 2016, 88, 7198−7205.