多肽分析

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白，多肽

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg

● 尽量避免使用和去除表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：蛋白酶酶切 → RPLC-nanoESI-MS/MS → 数据库搜索与鉴定

● 选项：1）客户化蛋白酶；2）high-pH RPLC离线预分离及馏分组合；3）同位素或等重标记定量

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● 以UniProt中已注释翻译后修饰为动态修饰的多肽数据库搜索定性定量结果

1）基于靶向-诱饵库搜索和谱图水平FDR控制的多肽IDs的全面鉴定信息，包括氨基酸序列，翻译后修饰及修饰位点（得到位点决定性碎片离子确认）。

2）基于同位素或等重标记的相对定量信息，如癌跟癌旁的比值。

参考文献

1. Proteogenomics connects somatic mutations to signalling in breast cancer. Nature 534, 55 (2016).

2. Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches. Cell 185, 379  (2022).

3. The next horizon in precision oncology: Proteogenomics to inform cancer diagnosis and treatment. Cell 184, 1661-1670 (2021).

4. Proteogenomics of non-smoking lung cancer in east asia delineates molecular signatures of pathogenesis and progression. Cell 182, 226 (2020).

5. Revolutionizing precision oncology through collaborative proteogenomics and data sharing. Cell 173, 533-537 (2018).