2DLC-MS/MS蛋白质组学

额外维度的分离是提高复杂高动态范围蛋白质组深度鉴定和定量的有效手段。

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg；蛋白质样本>1 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：蛋白质组提取 → 多肽组制备 → bRPLC 预分馏 → RPLC-MS/MS 分析 → 蛋白质生信鉴定和定量

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● 蛋白质定性定量结果

1）列表输出：特征多肽及对应蛋白质定性

2）可视化视图呈现：特性分析图、PCA分布图，GO（亚细胞定位、分子功能、生物过程），KEGG信号通路，PPI互作蛋白网络。

参考文献

1. Glycoproteomic characterization of FUT8 knock-out CHO cells reveals roles of FUT8 in the glycosylation. Front Chem 9,  (2021).

2. Basic pH reversed-phase liquid chromatography (bRPLC) in combination with tip-based strong cation exchange (SCX-Tip), ReST, an efficient approach for large-scale cross-linked peptide analysis. Anal Chim Acta 1179,  (2021).

3. Deep proteome profiling of semen of indian indigenous malnad gidda (bos indicus) cattle. J Proteome Res 19, 3364-3376 (2020).

4. Comprehensive glycoproteomic analysis of chinese hamster ovary cells. Anal Chem 90, 14294-14302 (2018).

5. Data of phosphoproteomic analysis of non-functioning pituitary adenoma. Data Brief 18, 781-786 (2018).