gPeptide

● gPeptide：用于从串联质谱数据中对蛋白质 N-糖基化进行位点和结构特异性鉴定和定量。

    固有的搜索准确性和速度

现提供 gPeptide 搜索结果示例下载。

1、TMT-11plex标记定量组织N-糖蛋白质组学数据

数据来源：Cell, 2021, 184, 5031–5052; https://pdc.cancer.gov/pdc/study/PDC000272

样本：胰腺导管腺癌，癌和癌旁

LC-MS/MS (HCD)数据组：12个

文件名：01CPTAC_PDA_G_JHU_20200516_LUMOS_f01-f12.raw （对应12个bRPLC馏分）

Easy nLC 1200 UHPLC + Orbitrap Fusion Lumos（110分钟梯度）

gPeptide定性定量搜索：理论库20401 protein entries + 6709 N-glycan entries; dynamic oxidation on Met, carbamidomethylation on Cys residues; peptide ≥ 6 matched fragment ions, precursor ion 10 ppm, fragment ion 20 ppm, total intensity coverage>10%; spectrum level FDR ≤ 1%

2、同位素2-plex标记定量细胞N-糖蛋白质组学数据

数据来源：Clinical Proteomics, 2020, 17, 3; ftp://ftp.pride.ebi.ac.uk/pride/data/archive/2020/02/PXD013836

样本：MCF-7/ADR cells vs. MCF-7-ADR cancer stem cells (CSCs).

LC-MS/MS (HCD)数据组：3个

文件名：GPs_ADR_MCF7_CSC_SIDE_400ug_20190122_NCE203040_1-3.raw （对应3个技术重复）

U3000 nano + Q Exactive Orbitrap （240分钟梯度）

gPeptide定性定量搜索：理论库20401 protein entries + 6709 N-glycan entries; dynamic oxidation on Met, carbamidomethylation on Cys residues; peptide ≥ 6 matched fragment ions, precursor ion 10 ppm, fragment ion 20 ppm, total intensity coverage>10%; spectrum level FDR ≤ 1%

您可以从这里获取gPeptide宣传册。