宏蛋白质组学

宏蛋白质组学基于宏基因组学深度测序所获得的蛋白质序列数据库，利用蛋白质组学对微生物群落蛋白质组学进行大规模鉴定，并对其功能进行注释。

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：蛋白质组提取 → 多肽组制备 → RPLC-MS/MS 分析 → 蛋白质生信鉴定和定量

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● 蛋白质定性定量结果

1）列表输出：特征多肽及对应蛋白质定性

2）可视化视图呈现：特性分析图、PCA分布图，GO（亚细胞定位、分子功能、生物过程），KEGG信号通路，PPI互作蛋白网络。

参考文献

1. MPA portable: A stand-alone software package for analyzing metaproteome samples on the go. Anal Chem 90, 685-689 (2018).

2. Soil metaproteomics for the study of the relationships between microorganisms and plants: A review of extraction protocols and ecological insights. Int J Mol Sci 21, 8455 (2020).

3. Metaproteomics reveals associations between microbiome and intestinal extracellular vesicle proteins in pediatric inflammatory bowel disease. Nat Commun 9, 2873 (2018).

4. Integrated metagenomics/metaproteomics reveals human host-hicrobiota signatures of crohn's disease. Plos One 7, e49138 (2012).

5. Who is who in litter decomposition? Metaproteomics reveals major microbial players and their biogeochemical functions. Isme J 6, 1749-1762 (2012).