完整N-糖肽分析

样本形式

新鲜冷冻组织，FFPE组织，体液（血浆血清、尿液），细胞，完整蛋白，多肽

样本要求

● 样本量：动物组织>1 g；植物组织>200 mg；血液样本>1 mL（注意用EDTA防凝）；血清>0.5 mL；尿液>2 mL；细胞>5×10^7；酵母/微生物>200 mg

● 尽量避免使用表面活性剂（SDS、Triton-X）和无机盐

样本运输

独立密封干冰盒运输

实验流程选项

● 基本流程：蛋白酶酶切 → 完整N-糖肽富集 → RPLC-nanoESI-MS/MS → 基于组成和结构指纹的位点和结构特异性数据库搜索与鉴定

● 选项：1）RPLC离线预分离，HILIC在线分离；2）客户化蛋白酶；3）客户化富集材料；4）多肽骨架同位素标记

测试报告

● 实验步骤（中英文）

● 质谱仪采集的原始数据

● 完整N-糖肽数据库搜索引擎定性定量搜索结果

1）基于靶向-诱饵库搜索和谱图水平FDR控制的完整N-糖肽IDs的全面鉴定信息，包括多肽骨架（氨基酸序列、潜在N-糖基化位点）和N-连接糖部分（单糖组成、潜在序列和糖苷键连接结构）；其中N-糖基化位点进一步得到位点决定性碎片离子确认，序列和连接结构进一步得到结构诊断碎片离子的确认。

2）基于多肽骨架同位素标记的相对定量信息，如癌跟癌旁的比值。

参考文献

1. Comprehensive site- and structure-specific characterization of N-glycosylation in model plant Arabidopsis using mass-spectrometry-based N-glycoproteomics. Journal of Chromatography B, 2022, 1198, 123234.

2. Structure-specific N-glycoproteomics characterization of NIST monoclonal antibody reference material 8671. Journal of Proteome Research, 2022, DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00027.

3. Site- and structure-specific characterization of N-glycoprotein markers of MCF-7 cancer stem cells using isotopic-labeling quantitative N-glycoproteomics. Chemical Communications, 2019, 55, 7934-7937.

4. Site- and structure-specific quantitative N-glycoproteomics using RPLC-pentaHILIC separation and intact N-glycopeptide search engine GPSeeker. Current Protocols in Protein Science, invited protocol, 2019,  97, e94.

5. GPSeeker enables quantitative structural N-glycoproteomics for site- and structure-specific characterization of differentially expressed N-glycosylation in hepatocellular carcinoma. Journal of Proteome Research, 2019, 18, 2885-2895.